Nació en octubre de 1774 en Guaduas. El 15 de diciembre de 1783 conoció al Sabio Mutis, quien lo envió a Mariquita para que fuera incorporado a la Expedición Botánica. Entre 1783 y 1816 trabajó en la Expedición Botánica. Se especializó en el dibujo de las anatomías o detalles de las flores llegando a ser no sólo uno de los mejores pintores de la Expedición sino también un gran botánico. A él se le debe el descubrimiento del «Guaco», eficaz antídoto contra el veneno de las culebras.
Entre 1794 y 1798 estuvo herborizando en Muzo, los montes de La Mesa, Fusagasugá, Tocaima, Cunday y Tena. En 1816 sirvió como soldado raso en la guerra de independencia. En 1819 radicó en Bogotá en donde ejerció gratuitamente la profesión de médico y dio clases de botánica y de pintura. Entre sus discípulos figuraron Manuel M. Quijano, Acosta, Francisco Bayón y Triana. Entre 1820 y 1821 fue profesor del sacerdote Juan María Céspedes a quien trasmitió muchos de los conocimientos de la Expedición. En 1825 fue comisionado, junto con don Juan María Céspedes, por el gobierno nacional para que se dirigiera al Valle de San Agustín, Huila, a investigar la antigua civilización de San Agustín. En 1850 el gobierno del General José Hilario López le concedió una pensión, para ayudarlo a salir de la miseria en la que había quedado por dedicarle todos sus esfuerzos a la ciencia. El 5 de noviembre de 1851 murió en Bogotá.
Los dibujos y pinturas identificados como de Matis, dentro de la gran obra de la Expedición Botánica, llegan a 216 láminas firmadas y 70 dibujos que también se sabe que son suyos. La mayoría de ellos son musgos y van en color.
Lorenzo Uribe Uribe, S. J.: «Los Maestros Pintores». Capítulo XXXI, Tomo I de la Real Expedición Botánica del Nuevo Reino de Granada. Ediciones Cultura Hispánica. Madrid, 1954.