Terminado a finales del siglo XVIII, fue hasta 1898 sede del gobierno colonial en Cuba, y posteriormente de la presidencia de la República y del Ayuntamiento de La Habana. En él se encuentra el Museo de la Ciudad de La Habana.
En 1768, un huracán al que se dio el nombre de Santa Teresa derribó la casa de la Plaza de San Francisco que servía de sede a las sesiones del Cabildo de La Habana. Se gestionó entonces, y se obtuvo con rapidez del Rey, autorización para edificar una nueva, acompañada de una cárcel pública. El plano, que según Real Cédula de 7 de diciembre de 1769 ya existía, había sido elaborado por el ingeniero Silvestre Abarca, artífice de la renovación del Sistema defensivo de La Habana, tras la recuperación de la ciudad en 1763 de manos de los ingleses.
La obra debía levantarse, como la anterior, en la plaza de San Francisco, y fue sacada a pregón en busca de contratistas, pero no se consiguió ningún postor. El Cabildo acordó acometerla por su cuenta, pero en 1772 la construcción aún no había comenzado. El capitán general Felipe Fondesviela y Ondeano, marqués de la Torre, propuso al Cabildo reconstruir la Plaza de Armas y tomar parte del terreno de la vieja Parroquial Mayor para ampliar la Plaza y en la otra parte situar la Casa Capitular y la Cárcel, con agregación de vivienda para los Gobernadores.
Las obras se iniciaron en 1776, pero avanzaron muy poco durante el gobierno de su promotor y no terminaron hasta 1792, durante el gobierno de Luis de las Casas y Aragorri.
La distribución de funciones instituida ese mismo año de 1792 estableció la residencia del capitán general y gobernador en las habitaciones altas del edificio, con vistas a la Plaza de Armas y a la calle O´Reilly. En el costado de la calle Obispo se ubicaron las oficinas y salas del Cabildo, mientras el frente de la calle Mercaderes era ocupado por la cárcel pública. Entresuelos, pisos bajos y los frentes de la Plaza de Armas y de la calle O´Reilly se subdividieron y fueron alquilados por escribanías y oficinas de contratistas.