Debió nacer cerca de 1547 en la Villa de Iznalloz, donde trabajaban su padre y su hermano Ambrosio en la construcción de la iglesia mayor de dicho pueblo. Hijo de Alonso de Aguilera y de Teresa Ruíz Barranco. Entra como aprendiz con su padre y hermano, donde se instruyó en parte de su oficio. Se casó con Jerónima Gudiel. Estuvo trabajando en el Reino de Castilla, en Aranjuez como cantero. Participó en la guerra de Granada, alistándose en las huestes de don Juan de Austria contra la sublevación del moro Aben-Humeya. El 19 de agosto de 1593 fue nombrado maestro mayor de la Catedral de México, esto debido a la muerte de Claudio de Arciniega. El 17 de junio de 1594 aparece en un documento del Santo Oficio donde se establece la limpieza del linaje de este artista para darle título de familiar (optar por un cargo) de dicha institución. Fallece cerca de 1601.

Anales del Instituto de Investigaciones Estéticas, INFORMACION DE DIEGO DE AGUILERA PARA OPTAR A UN CARGO EN EL SANTO OFICIO DE LA INQUISICION DE MEXICO 1953, vol. VI, núm. 21, pp. 95-117