Nace en Nueva Guatemala el 10 de diciembre de 1780. Compositor, escritor, violonchelista y director. Uno de los más prolíficos e importantes compositores en la historia de la música centroamericana. Hijo natural de Eustaquia Samayoa, contrajo nupcias tres veces, por fallecimiento de cónyuge: con Brígida Castro en 1808, con María Vicenta Alvarado en 1817 y con Valentina Arévalo en 1819.

Samayoa fue aprendiz en la Escuela de José Tomás Guzmán, donde desarrolló sus habilidades como tiple al mismo tiempo que escribía sus primeras composiciones. Posteriormente estudia con el organista Esteban Garrido en cuya escuela ejerció la docencia entre 1804 y 1813.

El 2 de julio de este último año instaura la celebración de la Asociación Filarmónica o fiesta de los desagravios al Sagrado Corazón de Jesús, la que continuó hasta el tiempo presente, como la tradicional fiesta de los músicos. Treinta años después sería nombrado nuevamente Mayordomo de la fiesta, dando a conocer un Plan de reformas piadosas, que buscaba erradicar la práctica de música profana teatral de moda en el interior de los templos. El mismo día que se inauguró la celebración anual de los músicos, en 1813, Samayoa ingresa como cantor de la Capilla. A los pocos años de la Independencia el 14 de junio de 1824 es nombrado por el Supremo Gobierno de la República para que, junto a Benedicto Sáenz (padre) y Manuel José de Lara, redactaran el reglamento para la creación de una escuela de Música. En 1826 se retira a la Antigua Guatemala donde se dedica a la enseñanza y a la composición. Tres años más tarde, habiéndose quedado sin alumnos por motivo del conflicto armado del Estado guatemalteco y las fuerzas federalistas de Morazán, regresa a la capital en busca de refugio.

Luego de la subida al poder de Mariano Gálvez en 1831, Samayoa se establece como uno de los músicos más respetados del gremio, tocaba el violonchelo, organizaba y dirigía orquestas en diversas ocasiones importantes. En 1842 figura como Vice-presidente de la Sociedad Filarmónica.

El catálogo de sus trabajos muestra una producción de música vocal sacra en latín (misas, motetes, salves, lecciones de difuntos, un Miserere y oficios de difuntos), acompañada de abundantes piezas vernáculas en castellano para el uso litúrgico principalmente tonadas, dúos, villancicos y cantadas pero también muestras únicas de canción, pregón, himno, trisagio, jácara y letra. Su producción instrumental comprende 3 sinfonías, 18 divertimentos, 30 tocatas y 9 sones. En 1834 dedica su Sinfonía No. 7 a magnificar el triunfo de las fuerzas Federales al mando del coronel Saget, en la batalla de Xiquilisco al oriente de San Salvador. Muere en Antigua Guatemala el 7 de junio 6 de 1855.