Fue un compositor y organista portugués. Nació cerca del año 1566. Trabajó como cantante en la Catedral de Evora en Portugal, donde fue alumno de la escuela del coro con Manuel Méndez. En 1599 fue nombrado maestro de capilla y afinador del órgano de la Catedral de Guatemala . Con motivo de la dedicación de la Catedral en Guatemala, prevista para 1603, Fernández compiló, organizó y copió en 1602, en libros de coro, la música que había sido adquirida y Ramón Vicente  utilizada por la Catedral desde el establecimiento de la diócesis a mediados del siglo XVI. Este repertorio se continuaría empleando en los siglos siguientes.

En 1606 Fernández dejó Guatemala para trasladarse a Puebla, México, a desempeñar el trabajo de Maestro de Capilla y copista en la catedral de esta ciudad, sucediendo a Pedro Bermúdez. Aquí continuó su trabajo de escribano musical y compositor distinguiéndose por haber escrito entre 1609 y 1620 la primera colección de música vernácula en el Nuevo Mundo que tipifica el tránsito del renacimiento al barroco latinoamericano. El cancionero contiene más de 300 villancicos, canzonetas, negros, guineos y piezas polifónicas con textos castellanos e indígenas. Muere en 1629.