Casi todos los datos históricos que conservamos de este artista, considerado entre las más sobresalientes del barroco español, son gracias a su testamento del 18 de marzo de 1664 en Puebla. Nace en Málaga, Reino de Castilla en el año de 1590. Sus padres fueron Juan Gutiérrez de Padilla y Catalina de los Ríos. Lo ingresaron en el Colegio de San Sebastián de la Catedral de Málaga, bajo el magisterio de Francisco Vázquez, donde sirvió como niño cantor. Ahí recibió sus primeras lecciones de canto llano y de canto de órgano. Después de la muerte de Vázquez aspiró al cargo de Maestro de Capilla de la catedral de Málaga, sin obtenerlo, no obstante al año siguiente logró superar a tres maestros postulantes al mismo cargo pero en esta ocasión, de la Colegiata de Jerez de La Frontera en donde permaneció solo tres años, de 1617 a 1622, pasando a la catedral de Cádiz en el mismo puesto y habiendo obtenido las órdenes eclesiásticas.

Llega a México entre 1620 y 1622. Ingresó como maestro asistente de Gaspar Fernández, Maestro de Capilla y Organista de la Catedral de Puebla. A los pocos años Gutiérrez de Padilla tanto entrenaba al coro como componía chanzonetas y villancicos, como los que escribió para las festividades del Corpus Cristi de 1628 que se conservan en el archivo de la catedral de Puebla. Por la muerte de Gaspar Fernández el cabildo catedralicio lo nombró para sucederlo en el puesto de Maestro de Capilla el 25 de septiembre de 1629. El 21 de agosto de 1630 el cabildo elevó sus ingresos al tiempo que sus responsabilidades. El 25 de enero de 1633 fue reconocido por el cabildo por sus excepcionales servicios prestados un mes antes. Un año después se le distinguió como racionero por parte del Consejo de Indias. El 1 de agosto del mismo año fue despedido “por causas justas” por el cabildo quien le pidió devolver los libros de música en su poder, sin embargo, fue restituido en su puesto un mes después, en esa misma acta de restitución se le pide que asista con la capilla musical a los festejos del Santísimo Sacramento y a solicitud de las monjas su presencia a los entierros de las religiosas. Murió en la catedral de Puebla el 8 de abril de 1664.

Se conservan cuatro misas y varias piezas en latín, pero el grueso de sus obras lo constituyen los villancicos  que se encuentran en dos archivos: uno el contentivo de cabildo de la Catedral de Puebla con siete juegos de villancicos pertenecientes a los años de 1551, 1552, 1553, 1555, 1556 y 1557 a ocho voces, además el de 1559 a siete voces; y el archivo de la Colección Sánchez Garza en el CNIDIM, donde se han hallado trece obras de Gutiérrez de Padilla de las cuales doce son villancicos. La última es el motete Mirabilia Testimonia  a ocho voces, basado en el texto del Salmo 118, interpretada en la hora nona del tiempo Pascual, de esta solo se conserva una parte.