Se ignora el lugar y fecha de su nacimiento. En 1598 recibió, del capitán Antonio Ruiz Mancipe, $ 84 oro por pintar los artesonados y dorar las rejas de hierro, y para hacer el letrero de la pila para su famosa capilla en la Catedral de Tunja. Debió morir en Tunja.

Es probable que Juan de Rojas fuera pariente de Diego de Rojas, quien trabajó en Tunja en la obra de la Capilla del Rosario de Santo Domingo.

Guillermo Hernández de Alba: Arte Hispánico en Colombia. Edición de la Dirección de Información y Propaganda del Estado. Bogotá, 1955.