No se tienen datos relativos a la fundación de esta capilla. Pero puede clasificarse entre las capillas de tipo primitivo. La verdadera importancia de esta capilla es que una de las historias del origen del nombre de Tepito esta ligada directamente a esta capilla. El maestro Antonio Caso platicaba que afuera del mercado El Volador proliferó un mercadeo de objetos y herramientas usadas, al que se le llamaba El tepo, apócope de fierro. Con el paso del tiempo el creciente mercadito del Tepo incomodaba al criollaje que se abastecía en El Volador, por lo cual fue trasladado a la plazuela de Tepito donde se estaba edificando la capilla a San Francisco el menor o Francisquito; ya que en la calle de Plateros, hoy Madero, se edificaba el templo a San Francisco el mayor. Y que debido al acrecentado uso de los diminutivos entre el mestizaje, lo de tepo pasó a tepis, ligándose con el diminutivo de Francisquito, hasta quedar en Tepito.

Iglesias y Conventos de la Ciudad de México, Monografías Mexicanas de Arte, 1920, p. XII