Compositor italiano, nació en Prato el 17 de octubre de 1688, hijo de Sabatino Zipoli y Eugenia Varochi. Sabatino fue un campesino que vivía en las tierras de la familia Naidini, más allá de los muros de la ciudad. Zipoli permaneció allí hasta 1702, pasando a la edad de 14 a los alrededores de la Cattedrale di “S. Stefano” en la ciudad.

Desde 1707 estudió en Florencia, probablemente con Giovanni Maria Casini, bajo el patronato de Cosme de Médicis, Gran Duque de Toscana. Durante un breve período, estudió en Nápoles con Alessandro Scarlatti, para trasladarse luego a Bolonia, donde trabajó a las órdenes del padre Felipe Lavinio Vannucci. En 1709 completó su formación musical con Bernardo Pasquini en Roma  por poco tiempo, hasta la muerte de este último. Luego permaneció en la ciudad, donde ocupó varios cargos, el más importante de los cuales fue como organista de la Chiesa del Gesú.

Durante los primeros meses de 1716, Zipoli viajó a Sevilla, donde ingresó directamente en la Provincia jesuítica del Paraguay el 1 de julio y comenzó su noviciado. Se trasladó a Sudamérica durante el año siguiente, estableciéndose en Córdoba, Argentina. Allí completó sus estudios en teología y filosofía, como preparación para ser ordenado sacerdote. Debido a que la sede obispal de Córdoba se encontraba vacante, la ceremonia nunca se realizó. Falleció el 2 de enero 1726 debido a una enfermedad infecciosa de origen desconocido. Aunque se la ha identificado como tuberculosis, no existe ninguna prueba al respecto.