Nace en Villafranca, España, en 1646. Araujo llegó a Lima a temprana edad con su padre, funcionario del Conde de Lemos, Virrey del Perú (1667-1672). Se cree que estudio con Tomás de Torrejón y Velasco, debido a las similitudes estilísticas de ambos artistas. Hacia 1670 fue nombrado maestro de capilla de la Catedral de Lima con un salario de $600 anuales. Fue sucedido en ese cargo por Torrejón y Velasco, el 1º de julio de 1676. Posteriormente viaja a Panamá y probablemente a Guatemala. De vuelta en Perú, es contratado como maestro de capilla de la Catedral de Cuzco, y en 1680 de la Catedral de Sucre, Bolivia, donde permanece hasta su muerte en 1712.

Se conocen de él 165 obras manuscritas que han llegado hasta nosotros, y en las cuales se destaca el tratamiento policoral, su textura contrapuntística, la vivacidad de sus ritmos y una fértil imaginación melódica.